El órgano encargado de la gestión de las enseñanzas y actividades propias del doctorado en la Universidad de Zaragoza es la Escuela de doctorado, situada en el Campus San Francisco. 

Los siguientes programas de doctorado de la rama de Ingeniería y Arquitectura son los que tienen su sede administrativa en el Campus Río Ebro:

•    Energías Renovables y Eficiencia Energética
•    Ingeniería Biomédica (programa interuniversitario)
•    Ingeniería de Diseño y Fabricación
•    Ingeniería de Sistemas e Informática
•    Ingeniería Electrónica
•    Ingeniería Mecánica
•    Ingeniería Química y del Medio Ambiente
•    Mecánica de Fluidos (programa interuniversitario)
•    Nuevos Territorios en Arquitectura
•    Tecnologías de la Información y Comunicaciones en Redes Móviles (programa interuniversitario)